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Los Einsatzgruppen (equipos móviles de matanza) eran unidades de las SS y personal de la policía alemana. Bajo el mando de los agentes de la Policía de Seguridad (Sipo) y del Servicio de Seguridad (SD), los Einsatzgruppen tenían entre sus tareas el asesinato de personas percibidas como enemigos raciales o políticos que se encontraban detrás del frente en la Unión Soviética ocupada. Estas victimas incluían judíos (hombres, mujeres, y niños), Roma (gitanos), y oficiales del estado y del partido comunista soviético. Los Einsatzgruppen también asesinaron a miles de personas internadas en instituciones para los incapacitados psíquicos. Muchos historiadores creen que el asesinato sistemático de judíos en la Unión Soviética ocupada por batallones de los Einsatzgruppen y Policía de Orden (Ordnungspolizei) era el primer paso del programa nazi para asesinar a todos los judíos europeos.
Durante la invasión de la Unión Soviética en junio de 1941, los Einsatzgruppen siguieron al ejército alemán mientras avanzaba en profundidad en el territorio soviético. Los Einsatzgruppen, a menudo aprovechando el apoyo local, llevaron a cabo operaciones de asesinato masivo. A diferencia del proceso de deportar judíos de los ghettos a los campos, los Einsatzgruppen venían directamente a las comunidades judías y las masacraban.
El ejército alemán proveía apoyo logístico a los Einsatzgruppen, incluyendo provisiones, trasporte, y vivienda. Al inicio, los Einsatzgruppen fusilaban primariamente hombres judíos. Pronto, donde sea que iban los Einsatzgruppen, fusilaban a todos los hombres, las mujeres y los niños judíos, sin hacer caso de edad o sexo, y los enterraban en fosas comunes. Empezando a fines de julio de 1941, batallones de la Policía de Orden, bajo el mando de lideres de las SS y de la policía recientemente nombrados para la Unión Soviética ocupada, se ocuparon de operaciones de aniquilación sistemática contra las comunidades judías más grandes.
Los Einsatzgruppen que seguían el ejército alemán hacia la Unión Soviética estaban compuestos de cuatro grupos del tamaño de un batallón. Einsatzgruppe A se desplegó de Prusia Oriental a través Lituania, Latvia y Estonia hacia Leningrado. Masacró judíos en Kovno, Riga, y Vilna. Einsatzgruppe B empezó en Varsovia en la Polonia ocupada y se desplegó a través de Bielorrusia hacia Smolensk, masacrando judíos en Grodno, Minsk, Brest-Litovsk, Slonim, Gomel, y Mogilev, entre otros lugares. Einsatzgruppe C empezó sus operaciones desde Cracovia y Rzeszow (en la Polonia ocupada) y se desplegó a través Ucrania hacia Kharkov, Kiev, y otras partes. De los cuatro grupos, Einsatzgruppe D era el que operaba más al sur. El personal llevó a cabo masacres en el sur de Ucrania y en Crimea, especialmente en Nikolayev, Kherson, Simferopol, Sevastopol, y Feodosiya.
Los Einsatzgruppen recibieron mucha asistencia de los soldados alemanes, húngaros, y rumanos, colaboradores locales, y otras unidades de las SS. Los miembros de los Einsatzgruppen eran de las SS, las Waffen-SS (formaciones militares de las SS), el SD, la Sipo, la Policía de Orden, y otras unidades policiales.
Para la primavera de 1943, los batallones habían fusilados a más de un millón de judíos y decenas de miles de comisarios políticos soviéticos, partisanos, Roma, y personas incapacitados. Los métodos de la matanza móvil resultaron ineficientes y onerosos psicológicamente para los asesinos. Aun mientras ocurrían estos fusilamientos, los nazis planearon y empezaron a construir instalaciones especiales de gaseamiento en campos de exterminio creados para asesinar grandes cantidades de judíos.