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Para reorganizar la composición étnica de Europa oriental dentro del marco de la Segunda Guerra Mundial, el régimen nazi usó el transporte ferroviario como método para sacar por la fuerza a integrantes de grupos étnicos del territorio en que vivían. En 1941, los líderes nazis decidieron implementar la "solución final": la aniquilación sistemática y masiva de los judíos europeos. Las autoridades alemanas usaron los sistemas ferroviarios de todo el continente para transportar, o deportar, a los judíos de sus hogares, principalmente hacia Europa oriental. Una vez que habían comenzado a asesinar metódicamente a judíos en centros de exterminio especialmente construidos, los funcionarios alemanes deportaron a los judíos a esos centros en tren y, cuando no se disponía de trenes o las distancias eran cortas, en camión o a pie.

En la Conferencia de Wannsee celebrada el 20 de enero de 1942 cerca de Berlín, oficiales de las SS, el Partido Nazi y funcionarios estatales alemanes se reunieron para coordinar la deportación de judíos europeos a los campos de exterminio que ya estaban en funcionamiento o en construcción en la Polonia bajo ocupación alemana. Los participantes de la conferencia calcularon que la "solución final" implicaría la deportación y el asesinato de 11 millones de judíos, incluyendo a los judíos residentes de los países que no estaban bajo control alemán, como Irlanda, Suecia, Turquía y Gran Bretaña.

Las deportaciones a esta escala requerían la coordinación de numerosas agencias gubernamentales alemanas incluyendo la Oficina Principal de Seguridad del Reich (''Reichssicherheitshauptamt'', RSHA), la Oficina Principal de la Policía, el Ministerio de Transporte y la Oficina de Asuntos Exteriores. Los jefes de la RSHA o las SS y la policía regionales coordinaban y a menudo dirigían las deportaciones. La Policía, a menudo reforzada por auxiliares o colaboradores locales de territorios ocupados, arrestaban y trasladaban a los judíos a los centros de exterminio. Trabajando con el departamento IV B 4 de la RSHA, comandada por el teniente coronel de las SS, Adolf Eichmann, el Ministerio de Transporte coordinaba los itinerarios de los trenes. La Oficina de Asuntos Exteriores negociaba con los aliados de Alemania en el Eje la transferencia de sus ciudadanos judíos a la custodia alemana.

Los alemanes intentaron disimular sus intenciones. Trataron de presentar las deportaciones como un "reasentamiento" de la población judía en los campos de trabajo del "Este". En realidad, el "reasentamiento" en el "Este" se convirtió en un eufemismo de transporte a centros de exterminio y aniquilación en masa.

Para las deportaciones, los funcionarios ferroviarios alemanes usaban vagones de carga y de pasajeros. Las autoridades alemanas generalmente no les daban agua ni comida a los deportados durante el viaje, aunque tuvieran que esperar varios días en ramales ferroviarios a que pasara otro tren. Apiñados en vagones de carga herméticamente cerrados y atestados de gente, soportaban intensos calores en verano y temperaturas muy bajas en invierno. Aparte de un balde, no había ninguna instalación sanitaria; el hedor de la orina y el excremento se sumaba a la humillación y el sufrimiento de los deportados. Al carecer de comida y agua, muchos de los deportados morían antes de que el tren llegara a su destino. Los guardias policiales armados que acompañaban los transportes tenían órdenes de dispararle a cualquiera que intentara escapar.

Entre diciembre de 1941 y julio de 1942, los oficiales de las SS y la policía establecieron cinco centros de exterminio en la Polonia ocupada por Alemania: Chelmno, Belzec, Sobibor, Treblinka 2 (Treblinka 1 era un campo de trabajos forzados para judíos) y Auschwitz-Birkenau, también conocido como Auschwitz II. Las autoridades de las SS y la policía del distrito de Lublin del Generalgouvernement (la parte de Polonia bajo ocupación alemana que no estaba directamente anexada a Alemania, ni anexada a Prusia oriental alemana, ni había sido incorporada a la Unión Soviética bajo ocupación alemana) administraban y coordinaban las deportaciones a Belzec, Sobibor y Treblinka en el marco de la “Operación Reinhard”.

Las principales víctimas de Belzec eran judíos del sur y sudeste de Polonia, pero también había judíos que habían sido deportados del llamado Gran Reich Alemán (Alemania, Austria, los Sudetes y el Protectorado de Bohemia y Moravia) al distrito de Lublin entre octubre de 1941 y finales del verano de 1942. La mayoría de los judíos deportados a Sobibor provenían del distrito de Lublin. Sin embargo, las autoridades alemanas también transportaron a judíos franceses y holandeses a Sobibor en la primavera y el verano de 1943 y pequeños grupos de judíos soviéticos de ghettos bielorrusos y lituanos a fines del verano de 1943. Los oficiales alemanes transportaron a judíos de los distritos de Varsovia y Radom del Generalgouvernement y del distrito administrativo de Bialystok a Treblinka 2, donde los oficiales de las SS y la policía los asesinaron. Las autoridades alemanas deportaron a Chelmno a la mayoría de los residentes judíos del ghetto de Lodz así como a los sobrevivientes romaníes y sintis (gitanos) de ese ghetto entre enero de 1942 y la primavera de 1943, y luego a principios del verano de 1944.

En 1943 y 1944, el centro de exterminio de Auschwitz-Birkenau desempeñó un papel significativo en el plan alemán de matar a los judíos europeos. A partir del final del invierno de 1943, comenzaron a llegar regularmente a Auschwitz-Birkenau trenes con judíos de prácticamente todos los países europeos ocupados por Alemania: desde las lejanías del norte de Noruega hasta la isla griega de Rodas, frente a la costa de Turquía en el sur, desde las laderas francesas de los Pirineos en el oeste hasta el extremo más oriental de los estados bálticos y la Polonia ocupada por Alemania. Otro campo de concentración ubicado cerca de Lublin -- conocido como Majdanek -- se usó para asesinar a grupos perseguidos de prisioneros judíos y no judíos mediante gas y otros medios.

Los alemanes asesinaron a casi tres millones de judíos en los cinco centros de exterminio.

== Oeste y Norte de Europa ==
Los oficiales alemanes y los colaboradores locales deportaron a los judíos de Europa occidental a través de campos de tránsito, como Drancy, en Francia, Westerbork, en Holanda, y Mechelen (Malinas), en Bélgica. De los aproximadamente 75.000 judíos deportados desde Francia, más de 65.000 fueron deportados desde Drancy a Auschwitz-Birkenau, y cerca de 2.000 a Sobibor. Los alemanes deportaron a más de 100.000 judíos de Holanda, casi todos de Westerbork: cerca de 60.000 a Auschwitz y más de 34.000 a Sobibor. Entre agosto de 1942 y julio de 1944, 28 trenes transportaron a más de 25.000 judíos de Bélgica a Auschwitz-Birkenau vía Mechelen.

En el otoño de 1942, los alemanes capturaron a unos 770 judíos noruegos y los deportaron en barco y tren a Auschwitz. En septiembre de 1943, un esfuerzo por deportar a judíos daneses falló cuando la resistencia de Dinamarca alertó sobre la inminente redada y ayudó al escape en masa de los judíos daneses a la Suecia neutral.

== Sur de Europa ==
Los alemanes deportaron a judíos de Grecia, Italia y Croacia. Entre marzo y agosto de 1943, los oficiales de las SS y la policía deportaron a más de 40.000 judíos de Salónica (norte de Grecia) a Auschwitz-Birkenau, donde el personal del campo mató a la mayoría en cámaras de gas tras llegar. Una vez que los alemanes ocuparon el norte de Italia en septiembre de 1943, deportaron a unos 8.000 judíos, la mayoría de ellos a Auschwitz-Birkenau. Los oficiales alemanes, en virtud de un acuerdo con Croacia, país aliado de Alemania en el Eje, se hicieron cargo de la custodia de unos 7.000 judíos croatas y los deportaron a Auschwitz-Birkenau.

Los gendarmes y las unidades militares de Bulgaria arrestaron y deportaron a cerca de 7.000 judíos residentes de la Macedonia ocupada por Bulgaria, previamente parte de Yugoslavia, a través de un campo de tránsito en Skopje. Las autoridades búlgaras concentraron a aproximadamente 4.000 judíos residentes de Tracia, que se encontraba bajo ocupación búlgara, en dos puntos de reunión en Bulgaria y los transfirieron a custodia alemana. En total, Bulgaria deportó a más de 11.000 judíos a territorio controlado por los alemanes. Las autoridades alemanas deportaron a dichos judíos a Treblinka 2 y los asesinaron en cámaras de gas.

== Europa Central ==
Las autoridades alemanas comenzaron a deportar judíos del Gran Reich Alemán en octubre de 1941, cuando la construcción de los centros de exterminio todavía estaba en etapa de planificación. Entre el 15 de octubre de 1941 y el 4 de noviembre de 1941, las autoridades alemanas deportaron a 20.000 judíos al ghetto de Lodz. Entre el 8 de noviembre de 1941 y octubre de 1942, las autoridades alemanas deportaron a aproximadamente 49.000 judíos del Gran Reich Alemán a Riga, Minsk, Kovno y Raasiku, todos en el Comisariato del Reich para el Ostland (Bielorrusia, Lituania, Letonia y Estonia ocupadas por Alemania). La gran mayoría de los deportados fueron fusilados por oficiales de las SS y de la policía tras llegar al Comisariato del Reich para el Ostland. Las autoridades alemanas deportaron a aproximadamente otros 63.000 judíos alemanes, austríacos y checos al ghetto de Varsovia y a varios lugares del distrito de Lublin, incluyendo los campos-ghettos de tránsito de Krasnystaw e Izbica y el centro de exterminio de Sobibor, entre marzo y octubre de 1942. Los residentes judíos alemanes de los ghettos de Lodz y Varsovia más tarde fueron deportados junto con los judíos polacos a Chelmno, Treblinka 2 y, en 1944, a Auschwitz-Birkenau.

El primer traslado de judíos del Gran Reich Alemán directamente a Auschwitz llegó el 18 de julio de 1942 desde Viena. Desde fines de octubre de 1942 hasta enero de 1945, las autoridades alemanas deportaron a Auschwitz-Birkenau a los más de 71.000 judíos que quedaban en el Gran Reich Alemán. Los alemanes deportaron a judíos ancianos o prominentes de Alemania, Austria, el Protectorado de Bohemia y Moravia y del oeste de Europa al ghetto de Theresienstadt, que también funcionaba como campo de tránsito para deportaciones hacia el este, más a menudo hacia Auschwitz-Birkenau.

Entre mayo y julio de 1944, casi 440.000 judíos de Hungría fueron deportados por gendarmes húngaros en cooperación con oficiales de la policía de seguridad alemana. La mayoría de ellos fueron enviados a Auschwitz-Birkenau. Los alemanes, con la cooperación de las autoridades eslovacas, deportaron a más de 50.000 judíos eslovacos a los campos de concentración de Auschwitz-Birkenau y Majdanek. Los judíos eslovacos fueron los primeros en ser seleccionados para las cámaras de gas en Birkenau. En el otoño de 1944, 10.000 judíos eslovacos fueron deportados a Auschwitz-Birkenau por oficiales alemanes de las SS y la policía durante el levantamiento eslovaco. Esta fue la última deportación de gran magnitud a un centro de exterminio.

Entre marzo de 1942 y noviembre de 1943, las SS y la policía deportaron a aproximadamente 1.526.000 judíos, la mayoría en tren, a los centros de exterminio de la Operación Reinhard: Belzec, Sobibor y Treblinka. Entre el 8 de diciembre de 1941 y marzo de 1943, y nuevamente en junio y julio de 1944, aproximadamente 156.000 judíos y algunos miles de romaníes y sintis fueron deportados por oficiales de las SS y la policía al centro de exterminio de Chelmno en tren, camión y a pie. Entre marzo de 1942 y diciembre de 1944, las autoridades alemanas deportaron a aproximadamente 1,1 millón de judíos y 23.000 romaníes y sintis a Auschwitz-Birkenau, la gran mayoría en tren. Menos de 500 sobrevivieron a los centros de exterminio de la Operación Reinhard. Solo un puñado de judíos sobrevivió a los transportes a Chelmno escapando de los trenes, pero no se sabe de nadie que haya sobrevivido la llegada a Chelmno. Es posible que unos 100.000 judíos hayan sobrevivido la deportación a Auschwitz-Birkenau por haber sido seleccionados para realizar trabajos forzados al llegar.